「深夜」は「しんや」と読みます。このブログおなじみの「デジタル大辞泉（小学館）」では、「深夜」は「真夜中。よふけ。深更。」と解説されています。
政府提供の「e-GOV法令検索」で「深夜」を調べると、43件ヒットしました。「夜中」「夜更（よふけ）」「未明」は0件であり、きっちり「深夜」で文言統一されています。件数が多いので3件に絞って紹介します。
○労働基準法（昭和22年法律第49号）
（時間外、休日及び深夜の割増賃金）
第三十七条 （略）
②・③ （略）
④ 使用者が、午後10時から午前5時まで（厚生労働大臣が必要であると認める場合においては、その定める地域又は期間については午後11時から午前6時まで）の間において労働させた場合においては、その時間の労働については、通常の労働時間の賃金の計算額の2割5分以上の率で計算した割増賃金を支払わなければならない。
⑤ （略）
○風俗営業等の規制及び業務の適正化等に関する法律（昭和23年法律第122号）
（営業時間の制限等）
第13条 風俗営業者は、深夜（午前零時から午前6時までの時間をいう。以下同じ。）においては、その営業を営んではならない。ただし、都道府県の条例に特別の定めがある場合は、次の各号に掲げる日の区分に応じそれぞれ当該各号に定める地域内に限り、午前零時以後において当該条例で定める時までその営業を営むことができる。
一・二 （略）
2～4 （略）
○育児休業、介護休業等育児又は家族介護を行う労働者の福祉に関する法律（平成3年法律第76号）
第19条 事業主は、小学校就学の始期に達するまでの子を養育する労働者であって次の各号のいずれにも該当しないものが当該子を養育するために請求した場合においては、午後10時から午前5時までの間（以下この条及び第20条の2において「深夜」という。）において労働させてはならない。ただし、事業の正常な運営を妨げる場合は、この限りでない。
一～三 （略）
2～5 （略）
労働関係法令における深夜は午後10時から午前5時まで（または午後11時から午前6時まで）であり、風営適正化法令における深夜は午前零時から午前6時までということですね。
